電視劇《特工任務》主要講述了境外情報組織「夜霧」開發了一款名叫「特工任務」的游戲,游戲玩家在未知情況下就已經開展間諜活動。
高天陽(韓庚飾)的表弟黃子誠(魏大勛飾)也在玩這款游戲還被「夜霧」盯上了。
黃子誠與姚瑤(李一桐 飾)搭檔完成線下任務,在完成任務的過程中黃子誠發現這個游戲并沒有那麼簡單,後來成為國安的線人。
高天陽與潛伏在特工游戲中的情報人員吳熙(周放 飾)互相配合,想要破獲間諜組織的秘密。眾人攜手一起粉碎間諜組織的陰謀。
高天陽他們抓捕了一個間諜,從他那里得到了一份涉密文件,國安局解密以后發現與黃天明研究所的一個項目有關。
通過對研究所的調查他們發現了于瀟月偷拿標本,在對標本的跟蹤調查過程中,高天陽他們發現黃子誠也被卷入其中,還發現了韓杰這一條運輸線。
在對于瀟月的調查過程中,高天陽他們懷疑上了她的男朋友石磊,此后他們一直監視著石磊,果然發現了異常。
在竊取馮教授研究資料的過程中,石磊的「教授」身份被發現。他想用竊取到的資料擺脫「夜霧」的控制,想要從他們那里敲上一筆錢。
可石磊終究是沒有斗過張老闆他們,張老闆從一開始就沒有想著交易,他們在給石磊的密碼箱動了手腳,讓石磊中了毒。幸好國安的人趕到才救下了他,從他那里得知張老闆就在津海,但他也沒有見過張老闆的真面目。
高天陽他們監視韓杰,發現了小月度假酒店信號塔上對準軍事基地的攝像頭。
為了不讓韓杰將視訊運送出去,國安扣住了他的那批貨,他們必將換個渠道將東西運出,說不定還有可能引出張老闆。
「夜霧」發現B13樣本有問題,又結合韓杰此次貨物被海關扣住,他們發現韓杰已經暴露被國安盯上了。
韓杰知道的事情太多了,張老闆派人將他救出了國安的視線,好在吳熙攔住了視訊文件,自己也受了傷。
「夜霧」知道國安不會善罷甘休,肯定會嚴密布控,韓杰逃不掉。為了不讓他落到國安手上,張老闆讓陳婷帶著毒酒去找韓杰,將他解決掉。
陳婷對韓杰有情,但在個人利益面前,為了自保,陳婷也可以舍棄韓杰。韓杰始終都在為陳婷著想,陳婷這才不忍讓他喝下毒酒。
高天陽再查了一遍韓杰的合作伙伴,查到了云逸集團,也根據線索找到了韓杰所在的游艇。
韓杰為了引開高天陽讓陳婷離開發動游艇,他自知跑不掉,喝下了陳婷拿來的毒酒。
但線索已經查到云逸集團了,陳婷怕也是藏不住了,但陳婷與方陸有聯系,而方陸又是副市長方永平的兒子,這后面的關系,細思極恐。
小月度假酒店的信號塔是違建,他們是怎麼拿到審批的,這后面還有多少人參與其中。
小月度假酒店的趙軍已經幾天都沒有出現在酒店了,他知道多少?會不會是一個突破口?
石磊、韓杰一旦暴露對「夜霧」沒有利用價值就會被毫不猶豫的舍棄掉。趙軍能否在被「夜霧」滅口之前被高天陽他們找到?